Pro pěstování meruněk se používá velké množství podnoží, pro mnohé školkaře je rozhodující cena.
SEMENÁČ - dříve hodně používaná podnož. Meruňky nemají kořeny uzpůsobené na naše podmínky a těžké půdy. Hodí se jen do těch nejteplejších oblastí. Stromy jsou později velké a špatně se ošetřují proti chorobám. V posledních letech často i mladé stromky napadá bakterie pseudomonas, která v kombinaci s jinými vlivy způsobuje náhlý úhyn stromku. V dnešní době naprosto nevhodná podnož. Stromky se nedožívají vysokého věku a brzy odumírají
MYROBALÁN- asi nejběžnější a jedna z nejlevnějších podnoží na švestky, meruňky a broskve. Stromky rostou bujně , má silné kořeny, roste i na méně vhodných stanovištích. Často se na meruňky doporučuje pro svoji odolnost a přizpůsobivost na různé půdní podmínky. Je třeba si uvědomit, že stromky bývají bez řezu za 3-4 roky i 5 metrů vysoké. Jarní postřik proti moniliové spále pro velikost stromků pro většinu pěstitelů obtížný a neproveditelný. Málokterý pěstitel na takových stromech provede probírku plodů když se zadaří a v květu nezmrznou. Následná nadúroda oslabí stromek, pokud se to následující rok opakuje, stromky zpravidla do 2-3 lety postupně usychají.
St. julian- vegetativně množená podnož velmi rozšířená a používaná. Podnože se množí z jednoletých prutů zakořeňováním, tím jsou poměrně vyrovnané, afinita ke švestkám, meruňkám a broskvím je výborná. Stromy mají o 20-30% nižší vzrůst. Mají brzkou a vysokou plodnost, běžně plodí již druhým rokem po výsadbě. Patří mezi levnější podnože. Vzhledem k charakteru množení a tím i strukturou kořenů je nutné v prvních letech dbát na dostatečnou zálivku. Kořeny ovšem nesnáší ani trvalé přemokření u mladých stromků. Velmi dobrá podnož pro všechny tři druhy ovocných dřevin. U většiny odrůd meruněk je na této podnoži možné řezem držet přijatelnou velikost stromů. Podle dostupných informací je odolná proti pseudomonas. U této podnože není problém naroubovat meruňky asi na 1 m vysoký kmínek, tím se omezí praskání kmenů při silných jarních mrazech, když jsou stromky již v míze.
PIXI- švestková podnož redukující vzrůst naštěpované odrůdy až o 50- 60 %, je dobře kompatibilní s odrůdami meruněk. Velmi příznivě ovlivňuje plodnost naštěpované odrůdy, jako švestková podnož je vhodná i pro okrajové pěstování meruněk. Klasické odrůdy dorůstají do výšky kolem 3 m. Stromky potřebují oporu a je nezbytné dělat probírku plodů.
VVA1- KRYMSK- kříženec P. tomentosa x P. cerasifera původem z Ruska. Potlačují růst naštěpované odrůdy o 40-50 %. Stromky dosahují brzkých a vysokých výnosů. U některých klasických odrůd byla zjištěna horší afinita, která se může projevit až po letech vylomením stromku. V dospělosti jsou vysoké kolem 3 m.
WAVIT- nová velmi nadějná licencovaná podnož pro švestky a meruňky. Málo vzrůstný semenáč, vyselektovaný ze známé švestky Wagenheimova, tato podnož redukuje vzrůst naštěpované podnože o 40 %. Výhody této švestkové podnože pro meruňky jsou nesporné. Řezem se dají stromky držet v přijatelné velikosti a vysoké plodnosti. Jedna z nejlepších podnoží pro meruňky.
OSTATNÍ PODNOŽE - v omezené míře je možné narazit i na další podnože. Dokonce se používají i broskvové nebo broskvomandlové podnože. Nakolik jsou lepší nebo horší pro pěstování je na odzkoušení každého pěstitele.
Švestkové podnože pro meruňky mají výhodu pro pěstování v horších klimatických a půdních podmínkách a v okrajových oblastech. Švestka je původní dřevina velmi dobře přizpůsobená na naše podmínky. Semenáče meruněk se hodí jen do nejteplejších oblastí. Meruňky na švestkových, licencovaných podnožích mají o něco vyšší cenu.